Logiciels disponibles

Le CC-IN2P3 met à disposition de ses utilisateurs plusieurs logiciels, commerciaux ou pas. La liste des logiciels disponibles n’est pas statique, elle peut changer au cours du temps selon les besoins des utilisateurs. Si vous désirez utiliser un logiciel qui n’est pas disponible sur notre plateforme, veuillez contacter le support utilisateur.

Deux solutions sont disponibles pour gérer l’environnement utilisateur : module et ccenv. Les commandes suivantes répertoirient les logiciels actuellement à disposition :

% module view [-S]          ou encore :     % ccenv --list
Analysis/                                   Software:
    - bedtools                              - Nag_C
    - gnuplot                               - Nag_Fortran
    - heasoft                               - R
    - plotutils                             - anaconda
    - root                                  - boost
    - samtools                              - clhep
    - sortmerna                             - cmake
CCIN2P3/                                    - curl
    - fs4                                   - ecat
    - suptools                              - f95
    - treqsc                                - g95
Collaborative_Tools/                        - garfield
    - git                                   - gate
Compilers/                                  - gcc
    - f95                                   - geant4
       ...                                  ...

Pour obtenir les versions disponibles pour un logiciel donné :

% module view root                           % ccenv --list root
Analysis/root :                              Software:
  - 6.14.06                                    Version:
  - 6.18.00                                      root:
  - 6.18.04_gcc73                                - 5.34.23
  - 6.20.00                                      - 5.34.36
  - 6.22.06                                      - 5.34.38
  - 6.22.06-fix01                                - 6.06.04
  - 6.23.01                                      - 6.08.02
  ...                                            ...

Pour activer ces environnements sur les serveurs interactifs ou ceux de calculs :

% module add gcc                      # active la version de production
% module add Compilers/gcc/10.2.0     # active la version choisie
 ou
% ccenv gcc                           # active la version la plus récente
% ccenv gcc 10.2.0                    # active la version choisie

Warning

En cas de problème avec la commande module lors de la soumission d’un job, veuillez forcer la bonne mise en place de l’environnement avec les commandes suivantes :

  • (t)csh:

    source /etc/profile.d/modules.csh
    
  • bash, ksh, zsh:

    source /etc/profile.d/modules.sh
    

Veuillez trouver ci-dessous des informations detaillées sur les commandes module et ccenv.

La commande “ccenv”

La commande ccenv gère les dépendances minimales requises pour le bon fonctionnement d’un logiciel, mais pas la compatibilité entre plusieurs logiciels.

En cas de problème avec ccenv dans un script, une solution alternative pour charger un environnement existe :

% source /pbs/software/${PLATFORM}/<software_name>/ccenv.sh <version>  # for bash shells
% source /pbs/software/${PLATFORM}/<software_name>/ccenv.csh <version> # for csh shells