Modifié par Nief, le 20 Jun 2006

Installation de MPI au CC-IN2P3


Voici la démarche à suivre pour installer MPICH1 avec une version particulière de gcc au CC-IN2P3:

  • télécharger l'archive contenant les sources à partir d' ici (Unix : all flavors)
  • se placer dans le répertoire d'installation <mpidir>.
  • effectuer une extraction de l'archive dans le répertoire <mpidir>:
> tar -zxvf mpich.tar.gz

un répertoire est crée dans <mpidir> (ex: mpich-1.2.7p1):

> cd <mpidir>/mpich-1.2.7p1

positionner la variable d'environnement CC pointant sur la version de gcc avec laquelle on désire compiler MPI (par exemple gcc v3.4.2):

> setenv CC /usr/local/gcc/3.4.2/bin/gcc

ou:

> export CC=/usr/local/gcc/3.4.2/bin/gcc

suivant que l'on travaille en tcsh ou bash. l'installation peut démarrer:

> ./configure --with-arch=LINUX --cc=$CC --enable-cxx --prefix=<mpidir>/mpich-1.2.7p1 
> gmake ALL

L'installation est terminée.
Pour pouvoir utiliser cette version particulière de MPI, un certain nombre de variables d'environnement doivent être positionnées. Il faut tout d'abord modifier le .cshrc de l'utilisateur afin que les librairies dynamiques correspondant au compilateur de son choix soient utilisées par les processus lancés en parallèle:

setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/gcc/3.4.2/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

D'autre part, un certain nombre de variables d'environnement doivent être positionnées. Le mieux est de le faire via un script comme celui-ci pour tcsh). Il s'agit en fait d'une version personnalisée du script se trouvant dans /usr/local/products/mpi/mpi_env_mpich.csh et invoqué via l'alias mpi_env pour l'installation standard):

if ( -d <mpidir>/mpich-1.2.7p1 ) then
  setenv MPICH_HOME <mpidir>/mpich-1.2.7p1
  setenv P4_RSHCOMMAND /usr/afsws/bin/rsh
  setenv PATH ${MPICH_HOME}/bin:${PATH}
  setenv MANPATH ${MPICH_HOME}/man:${MANPATH}
endif

ou bien en bash:

if [ -d <mpidir>/mpich-1.2.7p1 ]
then
  MPICH_HOME=<mpidir>/mpich-1.2.7p1
  P4_RSHCOMMAND="/usr/afsws/bin/rsh"
  PATH="$MPICH_HOME/bin:$PATH"
  MANPATH="$MPICH_HOME/man:$MANPATH"
  export MPICH_HOME P4_RSHCOMMAND
fi

<mpidir> doit être remplacée par le chemin adéquate.
Pour positionner les variables d'environnement:

> source <votre script>

A partir de là, vous êtes prêts pour la compilation et la soumission de jobs sur la ferme Pistoo.
Pour plus d'information sur cette partie, se réferer à ce lien .

  • installation_de_mpi_au_cc-in2p3.txt
  • Dernière modification: 2016/12/20 15:01
  • par Jean-René ROUET