Jobs multi-cœurs

La soumission d’un job utilisant plusieurs cœurs sur un même serveur de calcul se fait grâce à l’option -pe qui permet de spécifier l’environnement parallèle multicores, ainsi que le nombre de cœurs souhaités :

% qsub -pe multicores <number_of_cores> -q <QueueName> <script>

Par exemple :

% qsub -pe multicores 4 -q mc_long test.sh

Les queues disponibles pour les jobs multi-cœurs sont les suivantes :

  • mc_long
  • mc_huge
  • mc_longlasting

Pour connaître les limites des queues, veuillez vous référer à la page Informations sur les queues batch.

Attention

L’accès à toutes les queues multi-cœurs est restreint. Vous devez contacter votre czar pour avoir accès à ce type de ressource. FAQ des queues à accès restreint.

Plus le nombre de cœurs demandés est élevé, plus le job risque d’attendre avant de s’exécuter. Il est ainsi recommandé de ne pas demander plus de 16 cœurs. 8 cœurs est un bon compromis entre taille du job et attente.

Les jobs multi-cœurs doivent être correctement configurés pour utiliser le nombre de cœurs demandés, accessible à travers la variable d’environnement $NSLOTS. L’utilisation d’un plus grand nombre de cœurs que demandés peut impacter le fonctionnement des serveurs de calcul et les jobs des autres utilisateurs.

Note

Les queues mc_highmem_long et mc_highmem_huge donnent accès à une machine dédiée aux calculs nécessitant une valeur élevée de CPU. Veuillez contacter support utilisateur pour discuter votre modèle de calcul.