Jobs multi-cœurs

La soumission d’un job utilisant plusieurs cœurs sur un même serveur de calcul se fait grâce à l’option -pe qui permet de spécifier l’environnement parallèle multicores, ainsi que le nombre de cœurs souhaités :

% qsub -pe multicores <number_of_cores> -q <QueueName> <script>

Par exemple :

% qsub -pe multicores 4 -q mc_long test.sh

Note

Les options de soumission les plus utiles sont explicitées à la page de soumission d’un job de calcul.

Les queues disponibles pour les jobs multi-cœurs sont les suivantes :

  • mc_long
  • mc_huge
  • mc_longlasting

Pour connaître les limites des queues, veuillez vous référer à la page Informations sur les queues d’ordonnancement.

Attention

L’accès à toutes les queues multi-cœurs est restreint. Vous devez contacter votre czar batch pour avoir accès à ce type de ressource. FAQ des queues à accès restreint.

Plus le nombre de cœurs demandés est élevé, plus le job risque d’attendre avant de s’exécuter. Il est ainsi recommandé de ne pas demander plus de 16 cœurs. 8 cœurs est un bon compromis entre taille du job et attente.

Les jobs multi-cœurs doivent être correctement configurés pour utiliser le nombre de cœurs demandés, accessible à travers la variable d’environnement $NSLOTS. L’utilisation d’un plus grand nombre de cœurs que demandés peut impacter le fonctionnement des serveurs de calcul et les jobs des autres utilisateurs.

Note

Les queues mc_highmem_long et mc_highmem_huge donnent accès à une machine dédiée aux calculs nécessitant une valeur élevée de CPU. Veuillez contacter support utilisateur pour discuter votre modèle de calcul.

Attention

La quantité de mémoire demandée via l’option -l, par exemple -l s_rss=4G, est la mémoire qui sera allouée par cœur et non pour le job, la mémoire totale de ce dernier étant donc le nombre de cœurs demandé par la quantité de mémoire demandée via cette option.