Jobs mono-cœur

Les jobs mono-cœur sont les plus simples à soumettre, il suffit d’utiliser la commande qsub comme décrit dans la section, correspondante. Seul le projet doit être obligatoirement spécifié, mais d’autres options sont utiles pour configurer correctement votre job.

Voici un exemple d’un script de soumission d’un job mono-cœur :

#!/usr/bin/env bash

# Pour specifier 10 minutes de 'wallclock time'
#$ -l h_rt=00:10:00

# Pour demander 1 gigabyte de mémoire
#$ -l s_rss=1G

# Pour nommer le job
#$ -N job_exemple

# Pour déclarer votre projet sous lequel le job sera exécuté
#$ -P P_<groupname>

# Pour fusionner les sorties stdout et stderr dans un seul fichier
#$ -j y

# Les sorties stdout et stderr se trouveront par défaut dans votre HOME
# pour les placer ailleurs par ex. sous votre HOME :
#$ -o $HOME/<votrePATH>/

# Exécuter votre commande, et sauvegarder le résultat
echo $(/bin/date) > resultat.txt

# Votre job s’exécute dans le répertoire de travail temporaire ($TMPDIR) sur
# les serveurs de calcul qui sera effacé à la fin du job ; à la fin de vos calculs,
# vous devez copier les résultats que vous voulez garder dans un espace de stockage
# approprié, par ex.
cp resultat.txt $HOME/myresult

On soumet ensuite ce job en exécutant :

% qsub test.sh

Il est possible de passer des paramètres au script :

% qsub test.sh arg1 arg2 arg3