Jobs multi-cœurs

La soumission d’un job utilisant plusieurs cœurs sur un même serveur de calcul se fait grâce à l’option -pe qui permet de spécifier l’environnement parallèle multicores, ainsi que le nombre de cœurs souhaités :

% qsub -pe multicores <number_of_cores> -q <QueueName> <script>

Par exemple :

% qsub -pe multicores 4 -q mc_long test.sh

Les queues disponibles pour les jobs multi-cœurs sont “mc_long”, “mc_huge” et “mc_longlasting” à accès restreint.

Note

Plus le nombre de cœurs demandés est élevé, plus le job risque d’attendre avant de s’exécuter. Il est ainsi recommandé de ne pas demander plus de 16 cœurs. 8 cœurs est un bon compromis entre taille du job et attente.

Attention

Les jobs multi-cœurs doivent être correctement configurés pour utiliser le nombre de cœurs demandés, accessible à travers la variable d’environnement $NSLOTS. L’utilisation d’un plus grand nombre de cœurs que demandés peut impacter le fonctionnement des serveurs de calcul et les jobs des autres utilisateurs.