Différences

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benchmark_pspm_et_spm [2016/12/16 10:15] (Version actuelle)
Ligne 1: Ligne 1:
 +Modifié par Boix, le 07 Nov 2005\\
 +\\
 +
 +====== Benchmark PSPM et SPM ======
 +
 +\\
 +\\
 +
 +=====  Benchmark de soumission au batch (script) ​ =====
 +
 +Le script se trouve dans : /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​\\
 +\\
 +3 fichiers s'y trouvent :
 +  * "​batch.sh"​ le script à lancer.
 +  * "​script_benchmark_pspm_realignNormalizeAndSmooth.sh"​ le script qui sera lancé sur le batch.
 +  * "​benchmark_spm_realignNormalizeAndSmooth_fast_batch.m"​ la tâche SPM/PSPM.
 +
 +Pour le lancer :
 +<​code>​
 +setenv BQSCLUSTER pistoo
 +</​code>​
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./batch.sh
 +</​code>​
 +qjob ou qjobp pour voir l'​état du job.
 +=====  Benchmarks SPM (scripts) ​ =====
 +
 +Les scripts se trouvent dans /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​\\
 +\\
 +Le script '​clearData.sh'​ sert à mettre les données de test dans un état initial, sans données pré-traitées. ​
 +====  Realign ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_spm_realign_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +
 +====  Realign et normalize ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_spm_realignAndNormalize_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +
 +====  Realign, normalize et smooth ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_spm_realignNormalizeAndSmooth_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +=====  Benchmarks PSPM (scripts) ​ =====
 +
 +Les scripts se trouvent dans /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​\\
 +\\
 +Le script '​clearData.sh'​ sert à mettre les données de test dans un état initial, sans données pré-traitées. ​
 +====  Realign ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_pspm_realign_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +
 +====  Realign et Normalize ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_pspm_realignAndNormalize_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +
 +====  Realign, Normalize et Smooth ​ ====
 +
 +<​code>​
 +cd /​sps/​isc/​scratch_pspmjob/​benchmarks/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +./​clearData.sh
 +</​code>​
 +<​code>​
 +matlab -r benchmark_pspm_realignNormalizeAndSmooth_fast (PAS de '​.m'​)
 +</​code>​
 +=====  Benchmarks SPM (réalisés dans spmjob) ​ =====
 +
 +Dans spmjob, sélectionner tout d'​abord le directory, le patient et la session.\\
 +\\
 +Exemple :
 +<​code>​
 +directory : /​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​isc/​
 +</​code>​
 +<​code>​
 +patient : data_spm (colonne de droite)
 +</​code>​
 +<​code>​
 +session : fM00223 (colonne de droite)
 +</​code>​
 +
 +====  Realign rapide ​ ====
 +
 +Pour un realign rapide :\\
 +\\
 +Cocher Realign/​Unwarp.\\
 +\\
 +Dans les options :
 +<​code>​
 +(Estimate) quality : 0.001
 +</​code>​
 +<​code>​
 +(Estimate) interpolation : nearest neighbour
 +</​code>​
 +<​code>​
 +(reslice) mean image only
 +</​code>​
 +
 +====  Normalize rapide ​ ====
 +
 +Pour un Normalize rapide :\\
 +\\
 +Idem realign rapide + cocher Normalize.\\
 +\\
 +Dans les options de Normalize :
 +<​code>​
 +(Estimate) Template : EPI.mnc
 +</​code>​
 +<​code>​
 +(Estimate) nonlinear iterations : 1
 +</​code>​
 +
 +====  Smooth rapide ​ ====
 +
 +Pour un Smooth rapide :\\
 +\\
 +Idem Normalize + Cocher Smooth.\\
 +\\
 +Dans les options de Smooth:
 +<​code>​
 +Enter fwhm : 6
 +</​code>​
 +=====  Benchmarks PSPM  =====
 +
 +
 +====  Realign ​ ====
 +
 +
 +===  Dans SPM  ===
 +
 +<​code>​
 +(Spacial pre-processing) : Realign
 +</​code>​
 +<​code>​
 +Num subjects : 1
 +</​code>​
 +<​code>​
 +Num Sessions, subj 1 : 1
 +</​code>​
 +<​code>​
 +images subj 1,sess 1 : /​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​isc/​data_spm/​fM00223 (96 images)
 +</​code>​
 +<​code>​
 +Coregister &​reslice
 +</​code>​
 +<​code>​
 +Mean image only
 +</​code>​
 +SPM travaille ... 
 +===  Dans PSPM  ===
 +
 +<​code>​
 +Ajouter reslice
 +</​code>​
 +<​code>​
 +set files : /​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​isc/​data_spm/​fM00223 (96 images)
 +</​code>​
 +
 +====  Normalize ​ ====
 +
 +
 +===  Dans SPM  ===
 +
 +<​code>​
 +(Spacial pre-processing) : Normalize
 +</​code>​
 +<​code>​
 +which option ?... : determine parameters only
 +</​code>​
 +<​code>​
 +template image(s) : EPI.mnc
 +</​code>​
 +<​code>​
 +source image, subj 1 : image mean 
 +</​code>​
 +<​code>​
 +source image, subj 2 : done !
 +</​code>​
 +SPM travaille ... 
 +===  Dans PSPM  ===
 +
 +<​code>​
 +Ajouter normalize
 +</​code>​
 +<​code>​
 +set files : 
 +- Select images : /​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​isc/​data_spm/​fM00223 (96 images rfM* + image mean)
 +- Select sn mat file : /​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​isc/​data_spm/​fM00223 (fichier sn mat)
 +</​code>​
 +
 +====  Smooth ​ ====
 +
 +Note : Se fait directement dans PSPM (pas de paramètre dans SPM).
 +<​code>​
 +Prendre les images w*
 +</​code>​
 +<​code>​
 +Enter fwhm : 6
 +</​code>​
 +
  
  • benchmark_pspm_et_spm.txt
  • Dernière modification: 2016/12/16 10:15
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