Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

bbe_installation_biopython [2016/12/16 10:15] (Version actuelle)
Ligne 1: Ligne 1:
 +Modifié par Calvat, le 16 Jan 2014\\
 +\\
 +
 +====== BBE: Installation BioPython ======
 +
 +\\
 +\\
 +
 +=====  Prérequis ​ =====
 +
 +Le site de référence permettant de télécharger les différents modules pour BioPython est http://​www.biopython.org\\
 +\\
 +Les prérequis sont :
 +  * python
 +  * mxTextTools (module)
 +  * Numerical Python (module)
 +  * BioPython
 +
 +L'​installation s'​effectue dans le répertoire $THRONG_DIR
 +<​code>​
 +> cd $THRONG_DIR/​appli/​linux
 +> mkdir BioPython
 +> cd BioPython
 +</​code>​
 +=====  Installation de mxTextTools ​ =====
 +
 +
 +====  Téléchargement ​ ====
 +
 +Cet outil se télécharge sur le site http://​www.egenix.com\\
 +\\
 +Depuis linux, taper la commande pour downloder le tar.gz :
 +<​code>​
 +> wget http://​www.egenix.com/​files/​python/​egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz
 +</​code>​
 +
 +====  Build  ====
 +
 +<​code>​
 +> gunzip egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz ​
 +> tar -xvpf egenix-mx-base-2.0.6.tar
 +> rm egenix-mx-base-2.0.6.tar
 +> cd egenix-mx-base-2.0.6
 +> python setup.py build
 +</​code>​
 +
 +====  Installation ​ ====
 +
 +<​code>​
 +> python setup.py install --home=$THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython
 +</​code>​
 +=====  Installation de Numeric (Numerical Python, ou numpy) ​ =====
 +
 +
 +====  Téléchargement ​ ====
 +
 +<​code>​
 +> wget http://​kent.dl.sourceforge.net/​sourceforge/​numpy/​Numeric-24.2.tar.gz
 +</​code>​
 +
 +====  Build  ====
 +
 +<​code>​
 +> gunzip Numeric-24.2.tar.gz
 +> tar -xvpf Numeric-24.2.tar
 +> cd Numeric-24.2
 +> python setup.py build
 +</​code>​
 +
 +====  Installation ​ ====
 +
 +<​code>​
 +> python setup.py install --home=$THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython
 +</​code>​
 +Petite astuce pour pallier au manque de fichier %%__%%init%%__%%.py dans le module :
 +<​code>​
 +> touch  $THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython/​lib/​python/​Numeric/​__init__.py
 +> python setup.py install --home=$THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython
 +</​code>​
 +=====  Installation de BioPython ​ =====
 +
 +
 +====  Téléchargement ​ ====
 +
 +<​code>​
 +> wget http://​www.biopython.org/​files/​biopython-1.41.tar.gz
 +</​code>​
 +
 +====  Build  ====
 +
 +<​code>​
 +> gunzip ​ biopython-1.41.tar.gz
 +> tar -xvpf biopython-1.41.tar
 +> cd biopython-1.41
 +> python setup.py build
 +</​code>​
 +<​code>​
 +running build
 +running build_py
 +*** Reportlab *** is either not installed or out of date.
 +
 +This package is optional, which means it is only used in a few
 +specialized modules in Biopython. ​ You probably don't need this if you
 +are unsure. ​ You can ignore this requirement,​ and install it later if
 +you see ImportErrors.
 +You can find Reportlab at http://​www.reportlab.org/​downloads.html.
 +
 +Do you want to continue this installation?​ (Y/n) 
 +</​code>​
 +Répondre Y pour continuer\\
 +\\
 +\\
 +Astuce:\\
 +Il manque le chemin vers l'​include Numeric. Il faut modifer le fichier $THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython/​biopython-1.41/​setup.py et y ajouter le chemin vers le dossier include du module Numeric :
 +<​code>​
 +..........
 +NUMPY_EXTENSIONS = [
 +    Extension('​Bio.Cluster.cluster',​
 +              ['​Bio/​Cluster/​clustermodule.c',​
 +               '​Bio/​Cluster/​cluster.c',​
 +               '​Bio/​Cluster/​ranlib.c',​
 +               '​Bio/​Cluster/​com.c',​
 +               '​Bio/​Cluster/​linpack.c'​],​
 +              include_dirs=["​Bio/​Cluster",​ "/​afs/​in2p3.fr/​home/​throng/​biometr/​appli/​linux/​BioPython/​include/​python"​]
 +              ),
 +..........
 +</​code>​
 +
 +====  Installation ​ ====
 +
 +<​code>​
 +> python setup.py install --home=$THRONG_DIR/​appli/​linux/​BioPython
 +</​code>​
 +=====  Tests en fin d'​installation ​ =====
 +
 +
 +====  Module mx  ====
 +
 +<​code>​
 +>python
 +>>>​from mx import TextTools
 +>>>​
 +</​code>​
 +
 +====  Module Numeric ​ ====
 +
 +<​code>​
 +>python
 +>>>​import Numeric
 +>>>​
 +</​code>​
 +
 +====  Biopython ​ ====
 +
 +<​code>​
 +>python
 +>>>​from Bio import Fasta
 +>>>​
 +</​code>​
 +Si l'​interpréteur ne donne pas de messages d'​erreur lors de l'​import des différents modules, alors ils sont correctement installés, et prêts à utiliser.
 +
  
  • bbe_installation_biopython.txt
  • Dernière modification: 2016/12/16 10:15
  • (modification externe)